Sul retro dell’altare di San Ruperto, sulla navata principale, si trova la cosiddetta tomba nella roccia nella quale si dice che fosse stato sepolto San Ruperto, santo protettore di Salisburgo. Ossa del santo sono conservate nel reliquiario dell’altare della navata centrale. Gran parte delle reliquie di San Ruperto sono sepolte sotto l’altare maggiore nel  duomo. L'altare maggiore in marmo è riccamente decorato e su di esso si trova una pala di Martin Johann Schmidt che rappresenta l’intercessione di San Pietro e San Benedetto davanti alla Vergine Maria.